El encuentro de la cultura inca con la cultura española se inició con la conquista española en el siglo XVI. En 1532 las huestes de Francisco Pizarro capturaron a Atahualpa en Cajamarca. La población aborigen decreció en las primeras décadas y el Virreinato del Perú se creó en 1542 después de un enfrentamiento entre los propios conquistadores y la Corona española.

El proceso de asentamiento español se consolidó en el siglo XVI con el virrey Francisco de Toledo quien, a partir de sus ordenanzas, asentó el fundamento para la economía colonial: el sistema de control de mano de obra indígena (mita) para la minería y la producción artesanal. Estas actividades, junto con el monopolio mercantil, fueron la base de la economía colonial. Pero el cambio de dinastía y las reformas borbónicas del siglo XVIII crearon disconformidad entre muchos sectores sociales. La más importante de las rebeliones indígenas fue la de Túpac Amaru II, con la cual se empezó a generar el movimiento criollo que independizó a Hispanoamérica en el siglo XIX.

Hasta el siglo XVII el Virreinato del Perú abarcó el territorio que se extendía desde Panamá hasta Tierra del Fuego

La prédica de los sacerdotes se mezcló con las creencias andinas hasta establecerse un sistema de creencias mixto, el sincretismo, que continúa hasta la actualidad. Junto con los españoles también llegó al Perú la raza negra, que sumada a la población indígena y española, forma parte del tejido social y racial de nuestro país.

Durante los siglos XVI y XVII, la producción intelectual y el arte colonial peruano integraron sus aportes a la tradición española.