Exuberante, de bosques infinitos y ríos sinuosos que discurren hacia el océano, Madre de Dios es un departamento donde la vida abunda en todos los rincones. Puerto Maldonado, la ciudad capital, es paso obligado para acceder a algunos de los parques nacionales y reservas de la zona y ha sido, en distintas épocas, un importante centro de explotación de caucho, madera, oro y petróleo. Actualmente dos de las principales actividades económicas del departamento son el ecoturismo y la extracción de castañas.

A unos 10 km de Puerto Maldonado y después de una hora y media de caminata se encuentra el Lago Sandoval, rodeado de aguajales, orquídeas, lupunas, caobas y palmeras mauritias de hasta 30 metros de alto. El lago también es hogar de una gran variedad de especies como tucanes, guacamayos, loros, garzas, tapires, tortugas y refugio de la nutria de río y el lagarto negro, ambos en peligro de extinción. En los alrededores del lago Valencia, a 60 km de Puerto Maldonado por el río Madre de Dios, viven diversas comunidades nativas dedicadas a la pesca de doncellas, dorados y paiches y es también hábitat de una variedad de especies de flora y fauna.

El Parque Nacional del Manu (1 716.295 ha), ubicado en los departamentos de Cusco y Madre de Dios, alberga más de 800 especies de aves, 200 especies de mamíferos, árboles gigantescos y es también hogar de comunidades nativas. Es en este Parque se mantiene actualmente el record de avistamiento de aves en un solo día y en un solo lugar, con 324 especies.

La Reserva Nacional Tambopata-Candamo (274.690 ha) es conocida por poseer la mayor diversidad de especies de mamíferos, árboles, insectos y aves del mundo y tiene el récord mundial en cantidad de especies de mariposas. En el Parque Nacional Bahuaja-Sonene (1.091.416 ha) se encuentra la única sabana húmeda tropical existente en el Perú. Destacan el lobo de crin y el ciervo de los pantanos, especies en peligro de extinción, así como el oso hormiguero gigante, la nutria gigante, el perro de monte, el lagarto negro y el águila arpía.